Im Wasserhaushaltsgesetz und in den jeweiligen Landesgesetzen wird die Nutzung des Grundwassers geregelt. In jedem Fall bedarf die Nutzung einer wasserrechtlichen Erlaubnis. Die Erlaubnis oder Bewilligung kann mit entsprechend festgesetzten Anforderungen (sogenannten Nebenbestimmungen) erteilt werden, deren Einhaltung von der zuständigen Wasserbehörde nach Bescheiderteilung überwacht wird.

Im Rahmen von geothermischen Projekten sind wasserrechtliche Anträge u.a. bei der Durchführung von Pumpversuchen bei der entsprechenden Behörde zu beantragen. Des Weiteren ist die Beantragung einer wasserrechtlichen Erlaubnis zum Gewinnungsbetrieb notwendig. Die Geoenergie Bayern unterstützt ihre Kunden dabei und führt neben der Erstellung der Unterlagen auch die Kommunikation mit den Behörden durch.